Он поймал маньяка в Москве, раскрыл заговор в Грузии — но Нижний Лесовск стал его самым мрачным делом. Майор Андрей Петров привык идти по следу, даже когда след ведёт в болото. В этот раз его цель — провинциальный городок, где люди исчезают словно по расписанию. Каждый месяц — ровно один пропавший. Местная милиция пьёт чай и делает вид, что всё в порядке. А в центре всей этой чертовщины — Мёртвое озеро, вода в котором чёрная, как нефть, и хранит тайны, за которые убивают. Здесь каждый врёт: председатель горисполкома, начальник милиции, директор текстильной фабрики, даже местный дурачок с топором. А за всем этим стоит тот, кого боятся даже самые сильные мира сего. Тот, кого называют Хозяин. Но Петров не из тех, кто уходит, не докопавшись до дна. Даже если дно — это холодная, вязкая чернота, где уже нашли свой конец десятки людей. У него осталось всего несколько дней, чтобы разорвать этот порочный круг. Или остаться в нём навсегда. Чем ближе он к правде, тем меньше у него шансов вернуться живым.
Часть 1: Прибытие и первые шаги
Лето 1988 года. Следователь майор Андрей Петров и его группа из спецотдела Горохова завершают громкое дело о хищениях в Грузии. Вместо заслуженного отпуска они получают новое задание — разобраться с жалобой учительницы Красновой, которая сообщила о систематических пропажах людей в городе Нижний Лесовск.
Петров вылетает первым, чтобы разведать обстановку. В аэропорту его встречает председатель горисполкома Гавриил Захарович Мещерский, который ведет себя подозрительно гостеприимно и сразу пытается направить расследование в другое русло. У гостиницы Петров сталкивается с местной гадалкой Марфой Петровной Гречихиной, которая предупреждает его: «Чёрное озеро тебя убьёт». Вскоре выясняется, что эту старуху якобы никто не видел, что настораживает майора.
Мещерский приглашает Петрова на закрытый банкет на турбазе «Чёрное озеро», где собирается вся местная элита: начальник милиции Бобырёв, директор текстильного комбината «Красная нить» Шамба и другие. Во время застолья из леса доносится душераздирающий крик. Петров идет на звук и встречает Гришу Лазовского — местного «дурачка», который бродит по лесу с топором.
Часть 2: Расследование и новые знакомства
В бане Петров неожиданно встречает молодую девушку Лизу Грунскую, которую он знает из своей прошлой жизни как убитую бандитами проститутку Груню. Он решает спасти её, убеждая начать новую жизнь. Лиза становится его неофициальным агентом, сообщая, что Мещерский и Шамба говорили о каких-то важных делах на озере, которых никто не должен касаться.
Петров знакомится с учительницей Красновой, которая ведет собственный архив пропавших людей. Все они исчезали с пугающей цикличностью в районе Чёрного озера. В музее он также встречает геолога Валентина Мельникова, приехавшего изучать феномен периодического почернения воды в озере.
Параллельно в расследование вмешивается майор КГБ Борислав Гордеевич Орлов. Формально он приставлен для содействия, но Петров подозревает, что у того свои цели.
Часть 3: Первые убийства и раскрытие тайн
Вскоре происходит первая трагедия — дом Марфы Петровны сгорает дотла, а сама она погибает. Позже выясняется, что это было убийство с целью замаскировать улики. Петров находит связь между убийством гадалки и местным уголовником по кличке Беспалый.
Петров решает проследить за Гришей Лазовским. Тот приводит его к тайной землянке в лесу, где хранятся личные вещи пропавших людей — трофеи убийцы. Гришу задерживают. Тем временем геолог Мельников, отправившийся на озеро за пробами, пропадает. Петров и Орлов находят его лагерь, а позже — и тело с вырезанным сердцем. Тело загадочным образом исчезает.
На озере Петров воочию видит феномен — вода начинает чернеть. Он находит дневник Мельникова, где тот связывает эту аномалию с геологическими процессами.
Часть 4: Разоблачение и кульминация
Прибывает вся группа Горохова. Света, жена Петрова (и криминальный психолог), начинает работу с Гришей. Она приходит к выводу, что он не так прост, но подозревает, что он — лишь орудие.
Леонтий Лазовский, отец Гриши, приносит в милицию дневник, в котором изобличает своего старшего сына, Игоря, как убийцу. Петров арестовывает Игоря, но тот оказывается подготовлен. В КПЗ Игорь убивает постового и освобождает брата Гришу. Затем он поджигает дом Лазовских, но Петров находит под пепелищем подвал, где в банках хранятся вырезанные человеческие сердца.
Петров находит Лизу в подвале бункера Лазовских. Она рассказывает, что слышала, как убийства совершают «родственнички Хозяина». Петров понимает, что «Хозяин» и есть Бобырёв.
Часть 5: Финал и развязка
Петров сталкивает Бобырева, Мещерского и Шамбу на их же тайной сходке. В завязавшейся драке Шамба убивает Бобырева, а затем умирает от ран. Мещерский сбегает, но его задерживают люди Орлова.
Петров и Орлов спускаются в секретный бункер «Пирит» (бывшая лаборатория по созданию психотропного препарата ПС-63). Там Петров обнаруживает всю семью Лазовских мертвой. Гриша, раненный Орловым, убивает майора КГБ, после чего пытается напасть на Петрова. Петров убивает Гришу, который признаётся, что действие препарата делало его умным и сильным, пробуждая в нём жажду убийства. Гриша был убийцей, а его семья прикрывала его преступления.
Эпилог
31 декабря 1988 года. Петров и его команда празднуют Новый год в Новоульяновске. Гоша Индия делает предложение Насте. Света сообщает Андрею, что ждёт ребенка, а Горохов зачитывает приказ о присвоении Петрову звания подполковника. В конце вечера Петрову передают секретное письмо от генерала Черненко с предложением войти в особую группу для спасения СССР от распада. Петров дает согласие.