Одно из последних произведений известного советского писателя посвящено нравственно-философским проблемам. Сюжет повести - это борьба любви, дружбы, верности с жестокостью и злом.
**Появление Васи и его волшебные способности**
История начинается с разговора Шотландской Розы и Кота Фили в доме астронома Платона Платоновича. Они обсуждают давнюю ошибку паспортистки, которая записала в паспорт Платона Платоновича несуществующего сына Василия. Ученый, страдающий от одиночества, не стал исправлять ее и годами воображал сына, обставляя детскую игрушками и книгами. В канун Нового года, после того как снотворное не помогло, Платон Платонович слышит пастушескую дудочку и видит, как из пылинок в лунном свете материализуется рыжий мальчик Вася. Ольга Ипатьевна без вопросов кормит мальчика, и он остается в доме.
Вася быстро осваивается и обнаруживает в себе странную способность, по его желанию обычная лейка для цветов превращается в неиссякаемый родник. Сначала он смущается своих необычных возможностей, но Кот Филя утверждает, что в нем чувствуется «волшебная воля». Вася начинает тренироваться, превращая гречневую кашу в овсянку, заставляя солнечного зайчика стать настоящим зайцем. Позже выясняется, что для успешного чуда нужна поэзия или музыка - заяц ожил, когда Вася прочитал ему стихотворение Ивы.
**Знакомство с Ивой и появление Главного Регистратора**
Вася знакомится с девочкой Ивой, которая подталкивает его с горки на лыжах, чтобы проверить его смелость. Со временем они становятся друзьями, вместе наблюдают за звездами у телескопа Платона Платоновича. Вася с помощью волшебной воли заставляет яблоню в одичавшем саду наклонить ветку и вложить Иве в руку последнее яблоко. Затем он пытается перекинуть через речку мостик, но получаются лишь две соломинки. Ива говорит, что его талант нужно развивать.
У Ивы появляется поклонник - красивый и богатый молодой человек Леон Спартакович Пещериков, который называет себя Главным Регистратором города Шабарша. Он присылает Иве розы и нумерованные письма, заканчивающиеся словами «с подлинным верно». Вася, встретившись с ним на вокзале, замечает, что Пещериков побледнел и испугался при виде него. Когда Леон Спартакович приходит к родителям Ивы просить ее руки, из Алексея Львовича начинают лететь искры, и он прогоняет жениха. В тот же день в поселке Сосновая Гора начинается странная буря, ломающая сосны.
**Путешествие, пророчество Ворона и спасение в Котома-Дядьке**
Вася и Ива решают отправиться в «свадебное путешествие», хотя до женитьбы далеко. Они едут на «москвиче» вместе с Котом Филей. Вскоре после выезда из Москвы на дорогу садится старый Ворон, который, как оказалось, знал Васю в прошлой жизни. Ворон рассказывает, что четыреста лет назад в Венеции Вася был Лоренцо, а его враг Джироламо (теперь скрывающийся под именем Пещерикова) - бессмертным воином, который вырос из зуба дракона. Ворон предсказывает Васе сон, в котором он увидит прошлое. Назвав подлинное имя врага - «Верлиока», - Ворон погибает от серебряной стрелы.
В городе Котома-Дядька путешественники знакомятся с директором гостиницы. Кот Филя выясняет, что у директора есть сын Слава - баскетболист, которого Пещериков превратил в статую из розового туфа за то, что тот обидел его в ресторане. Вася отправляется в местный музей. После долгой и напряженной беседы со статуей, в которой он использует волю и стихи Ивы, Слава оживает. В городе начинается всеобщее ликование и праздник. Вася произносит речь о том, что чудеса рождаются из памяти, любви и благодарности. Ночью они обнаруживают, что Ива исчезла из своего номера.
**В Шабарше, спасение Ивы и разгадка города**
Вася и Филя понимают, что Иву похитил Верлиока - Главный Регистратор. Они едут в Шабаршу. Город оказывается странным местом с геометрической планировкой и темным светом. Жители здесь постепенно превращаются в официальные бумаги, а бумаги - в драчливых существ. Вася гримируется, чтобы остаться неузнанным. С помощью Кота Филе удается найти дом Верлиоки. Ива рассказывает, что, очнувшись в его доме, она разбила бутылку о лицо Пещерикова, а затем пыталась сбежать, проломив потолок. Однако в спальне она увидела тысячелетнего старика, спавшего под светящимся глобусом, - это был сам Верлиока. Он превратил ее в молодую иву в парке за домом.
Вася ночью идет в парк, находит иву и, преодолев волнение, возвращает Иве человеческий облик. Верлиока, узнав о побеге, пытается сжечь восставший город бумаг, но сам улетает на ковре-самолете в пустыню. Вася, Ива и Филя преследуют его. В пустыне, в старом замке, Вася находит Верлиоку, который для запугивания принимает облик летучей мыши, висящей на потолке. Вася называет его подлинное имя - Верлиока. Чудовище не превращается в воина, как предсказывал Ворон, а рассыпается на множество мелких, агрессивных верлиок. Вася бросает волшебный глобус в поле, и верлиоки начинают убивать друг друга в борьбе за него. Глобус улетает в космос.
**Финал, встреча с Судьбой**
Путешественники возвращаются домой в Сосновую Гору. Поздно вечером к Васе является Судьба - пожилая дама в черном платье. Она сообщает, что его предназначение выполнено, и теперь он должен исчезнуть, так как он лишь соединение пылинок и пастушьей дудочки. Вася отчаянно спорит с ней. Он доказывает, что его уход разрушит жизни многих людей (Платона Платоновича, Ивы, Кота, жителей Котома-Дядьки) и что его история уже вошла в литературу. Вася обещает в будущем написать книгу «Ошибки судьбы», утверждая, что ее можно обмануть мужеством и любовью. Судьба заинтересовывается этим обещанием и решает подождать, оставляя Васю жить.