Отправляясь в опасный поход, Химик и Пригоршня не подозревали, какой сюрприз им приготовила судьба: они оказались в месте, породившем Зону. Истинные, ПЕРВОНАЧАЛЬНЫЕ аномалии и артефакты находятся только здесь – и только здесь можно узнать всю историю Зоны, понять главную причину ее возникновения и найти того, кто дал исходный толчок к зарождению Мира Сталкеров. Этот суровый край, переживший страшную войну, погибает; времени осталось совсем немного. Двух сталкеров ожидают долгий и опасный путь, схватки с агрессивными тварями, борьба со стихией и предательство недавних союзников. Получится ли сыграть по чужим правилам, остановить надвигающуюся беду и вернуться домой?
**Неожиданное перемещение и встреча с враждебным миром**
После боя с натовцами в Зоне сталкеры Химик и Пригоршня приходят в себя на серой, черно-белой равнине. Осознав, что пространственное Зерно переместило их в другую реальность, они начинают путь через холмы к брошенному Черному городу из странного материала. В стылой траве на них нападает упырь, которого Химик убивает ножом; кровь мутанта оказывается неестественно яркой для этого мира. Отбиваясь от стаи упырей, беглецы находят занесенный грязью телепорт и спускаются в его помещение, где Пригоршня проваливается внутрь. За ними врываются упыри, и в попытке закрыть портал Химик бросает гранату в разбухающий пространственный пузырь, после чего их обоих выбрасывает уже под стенами Черного города. Заночевав в рухнувшем небоскребе, они сталкиваются с ночным вампироподобным существом и к утру решают покинуть город. На поляне Химик находит артефакт, позволяющий читать мысли; назвав его «миелофоном», он выясняет, что вторая разумная раса этого мира - манипуляторы-телепаты. Вскоре они встречают молодых аборигенов Мая и его сестру Искру, чья деревня уничтожена манипуляторами; Химик лечит смертельно раненую девушку артефактом «светлячок», и сестра рассказывает, что в их поселении есть тайный прибор, с помощью которого можно вернуться домой.
**Битва за деревню и встреча с нечистью**
Поселение оказывается встроенным прямо в гигантские деревья. Старейшина Головня сообщает, что на деревню движется орда манипуляторов, и просит сталкеров о помощи. Химик и Пригоршня решают пройти в лес и использовать панику среди вьючных фибий. С помощью артефакта «луна», защищающего от пси-воздействия, и «миелофона» они заходят во фланг врагу, уничтожают вождя манипуляторов и гранатами вызывают давку, обращая орду в бегство. После победы Головня связывается с Небесным городом, который парит над землей; горожане соглашаются принять героев. В деревне Химик проводит ночь с местной семнадцатилетней девушкой Апрелией. Отправившись к городу, сталкеры вместе с проводниками Маем и Искрой пересекают Великую топь, где их едва не засасывает аномалия-ловушка. Они прячутся в улье манипуляторов, где Химик обнаруживает инкубатор с личинками и находит путь наружу, используя продавливаемый клапан в потолке ячейки. На мосту через овраг на них нападает псевдохимера; Химик, воспользовавшись ядовитым параличом от укуса куста, с помощью артефакта «невидимка» сбрасывает тварь в пропасть.
**Небесный город и смерть отряда**
В ангаре заставы их встречают спецназовцы-гемоды во главе с Даром и его подругой Айей. Внутри Небесного города Канцлер рассказывает, что город падает из-за исчерпания генератора, а Картограф - их пропавший соотечественник, который добыл в Столице (занятой нечистью) бесценный генератор и преобразователи, после чего исчез в мире Химика. Сталкеры соглашаются помочь в обмен на спасение двухсот деревенских, включая Мая и Искру. Оставив Пригоршню в качестве заложника, Химик с отрядом Дара отправляется к Столице. В ущелье их атакуют манипуляторы в камуфляже, оснащенные гаусс-оружием; Химику удается выскочить, но Дар и Айя оказываются погребены. Пока Химик пробивается к завалу, манипуляторы утаскивают Пригоршню. С помощью «миелофона» он находит раненую Айю, но та умирает у Дара на руках; Дар просит добить его и отдает Химику карту Столицы. В одиночку Химик идет к городу, находит записку от напарника «Жив» и, используя «невидимку», проникает в стеклянный купол. Его обнаруживают по тени, избивают и берут в плен, лишив артефактов.
**Плен, переговоры и правда о мире**
В стальной камере манипуляторы с помощью «миелофона» вступают с Химиком в контакт. Он выясняет, что эта цивилизация - коллективный разум, стремящийся к миру; дикие телепаты, нападавшие на людей, - их деградировавшие сородичи. Манипуляторы показывают Химику, что войну начали люди, которые уничтожили друг друга ядерными ракетами, а манипуляторы не умеют запускать оставленные в городе установки климат-контроля. Ледник надвигается катастрофически быстро, и выживание всех зависит от сотрудничества. Освободив Пригоршню и заключив союз, сталкеры телепаты Сизый, Длинный и Рыжий отправляются к Небесному городу. В ущелье они отбиваются от обезьяно-пауков, а затем спасают Искру и Мая от диких телепатов, применив огонь и взяв друг друга под контроль. После долгого разговора с помощью «миелофона» Искра убеждается в разумности манипуляторов и принимает их сторону.
**Восстание и возвращение**
Прибыв к заставе, отряд вызывает подозрения, и Пригоршню с остальными берут в заложники, нацепив на него взрывной ошейник. Химика отправляют в Зону за генератором в сопровождении конвоя. В Зоне их атакует змеерысь, которую убивают вместе с одним из конвоиров, попавшим в аномалию «скрут». После перестрелки с натовцами Химик теряет сознание и обнаруживает себя у костра рядом с Картографом. Тот раскрывает, что именно он создал Зону, а Канцлер пытался его убить, и соглашается вернуться. Вернувшись в Небесный город через тайный ход, Картограф и Химик с помощью старого союзника Барка проникают в шаттл с заложниками, убивают охрану и снимают контрольные артефакты с солдат. В перестрелке гибнет телепат Сизый. Штурмовики прорываются в кабинет Канцлера; телепаты берут диктатора под контроль, заставляют отменить охрану и публично признаться во лжи и убийствах. Картограф занимает место правителя.
**Развязка и возвращение**
Канцлер под контролем манипуляторов приказывает спасти замерзающих у стен заставы сельчан и подготавливает народ к встрече с нечистью. Химик и Пригоршня передают манипуляторам генератор и преобразователи и прощаются. Картограф получает «миелофон» для понимания телепатов, но Химик решает оставить его в другом мире. Через телепорт сталкеры возвращаются в Зону - ночной, дышащий аномалиями, привычный мир, где они остаются жить дальше.