2027 год. Технологии физической модификации быстро совершенствуются, до появления нанокибернетики остается несколько лет, и новая эра в развитии человечества уже близка. Люди, снабженные сверхсовременными имплантами, получили небывалые возможности, однако не всем по душе этот стремительный взлет: могущественное тайное общество готово пойти на все, чтобы сохранить контроль над человечеством. Агент Секретной службы США Анна Келсо, в ходе выполнения задания потерявшая близкого друга, хочет найти и наказать виновных, но, пытаясь восстановить справедливость, неожиданно сама попадает под удар. В то же время бывший офицер британского спецназа Бен Саксон, чудом выживший после провала секретной операции, вступает в ряды боевой группы, деятельность которой со временем начинает вызывать у него множество вопросов. Стремясь разобраться в сложившейся ситуации, Келсо и Саксон вмешиваются в дела опасной организации, которая ревностно оберегает свои тайны и ведет жестокую игру, ставкой в которой является судьба человечества.
### Блок 1. Покушение в Вашингтоне и тайный совет иллюминатов
В особняке де Бирса в Женеве проходит заседание совета перфектибилистов - группы влиятельных людей, называющих себя иллюминатами. Лидер, Люций, обсуждает с семью собеседниками (через голографическую связь) ход проектов «Хирон» и подготовку провокаций. Он напоминает об исключительной важности их работы, иллюминаты уже двести пятьдесят лет направляют ход истории, разжигая войны и устраняя препятствия. Сейчас они приближаются к очередной поворотной точке.
В Вашингтоне агент Секретной службы Анна Келсо сопровождает сенатора Джейн Скайлер на ланч. Во время инструктажа старший агент Мэтт Райан предупреждает об угрозе со стороны триады «Красная стрела». Неожиданно на улице появляется серебристый седан, врезается в машину охраны, и из дыма выбегают четверо наемников. Взрывается лимузин; Анну контузией отбрасывает на кадки с пальмами. Она убивает одного нападавшего выстрелом в горло, но получает пулю в живот. Наемник с бледным лицом и светлыми волосами хладнокровно расстреливает Райана, Бирна и Коннора, а затем добивает бизнесмена Дански, с которым встречалась Скайлер. Сенатора он оставляет в живых. Анна теряет сознание.
### Блок 2. Австралийская катастрофа и вербовка Саксона
В вертолете над Квинслендом отряд наемников «Беллтауэр» - Шестая ударная группа под командованием Бена Саксона - летит на операцию «Кукушка» против лагеря повстанцев. Саксон получает письмо о скором окончании контракта. За минуту до высадки вертолет атакует автономный робот-истребитель, которого, по данным разведки, в этом секторе быть не должно. Снаряды пробивают корпус; заместитель Саксона Питер Кано погибает на месте. Вертолет падает в лесу. Саксон выбирается из обломков, находит тяжело раненного Сэма Дуарте, но робот снова атакует и убивает Дуарте на глазах у Саксона. Саксон уничтожает робота из гранатомета и теряет сознание.
В полевом госпитале его навещает незнакомец по имени Джарон Намир, который вытащил его из ручья. Намир предлагает Саксону вступить в его элитную группу «Тираны». Он намекает, что ошибка «Беллтауэра» стоила жизни людям Саксона, и обещает дать то, что нужно, новые импланты и месть. Саксон соглашается.
### Блок 3. Расследование, предательство и побег Анны
Анна приходит в себя в госпитале; ей сообщают, что все члены ее группы погибли, а ее оптические импланты временно изъяты для анализа. Она уверена, что нападение было не работой триады, а хорошо спланированной операцией, где главной целью был Дански, а Скайлер - лишь отвлекающим маневром. Начальство не прислушивается к ней.
После выписки Анна начинает собственное неофициальное расследование. Она находит хакеров на авианосце «Интрепид» и платит им за поиск личности убийцы Райана. Хакерша Вдова сообщает о группе «Тираны» - элитных наемниках, занимающихся политическими убийствами. Рейд полиции срывает встречу; Анна сбегает, но ее ловят.
В участке ее вызволяет начальник Рон Темпл, который официально отправляет ее в отпуск с последующим увольнением. Анна не останавливается, хакер из «Джаггернаута» Ди-Бар предлагает ей помощь в обмен на доступ к серверу Секретной службы. Анна проникает в офис с его поддельным пропуском и запускает поисковый вирус. Среди украденных файлов она находит доказательство, что информацию о маршруте Скайлер слил именно Темпл. Анна уничтожает флешку, но Темпл уже вызвал охрану. Ее арестовывают.
В камере Темпл признается, что работал на Тиранов из-за угроз его семье, и заявляет, что Анна «исчезнет». Его отправляют в тюремном фургоне, но по дороге Ди-Бар организует аварию с помощью робота-трейлера и освобождает ее. Анна едет в поместье Темпла, чтобы заставить его назвать заказчиков.
### Блок 4. Операции Тиранов и внутренний разлад
Тираны проводят операцию в Москве, ликвидация министра Контарского, который, по словам Намира, связан с террористической группой «Джаггернаут». Во время штурма Саксон сталкивается с Контарским один на один. Тот в панике отрицает свою причастность к провалу операции «Кукушка». Саксон хочет взять его живым, но по приказу Намира снайпер Хардести убивает Контарского выстрелом в голову. На экране появляется хакер Янус и задает Саксону вопрос, «Ты знаешь, какому хозяину ты служишь?» Это вызывает у Саксона сомнения.
В Лондоне Намир устраивает «испытание», Саксон и новичок Гюнтер Герман должны сразиться насмерть за звание предателя. Саксон побеждает, но отказывается стрелять, и Намир признает, что патроны были холостыми. Саксона принимают в команду.
В Детройте Тираны должны похитить ученых из «Шариф Индастриз». Но план меняется, Намир получает сообщение, что агент Темпл раскрыт, и отправляет Саксона, Германа и Хардести ликвидировать его в Грейт-Фоллз. Во время зачистки дома Темпла Саксон видит гражданских, убитых Хардести и Германом. Он сталкивается с Анной Келсо, но, вопреки приказу, не стреляет в нее - опускает ствол и позволяет ей сбежать.
### Блок 5. Правда о «Кукушке» и предательство
На аэродроме Саксон подслушивает разговор Намира и Хардести, Хардести признается, что именно он подделал данные для операции «Кукушка» по приказу Намира, чтобы проверить волю Саксона к жизни. Саксон понимает, что его люди были принесены в жертву ради вербовки. Он взламывает сервер Намира, используя имя его сестры Мелины, скачивает файлы о «Зале Смерти» и обнаруживает правду о подставе. Намир застает его за этим; начинается драка на борту самолета. Саксон выводит из строя Германа и Барретта и прыгает из грузового люка над Атлантикой. Его вылавливает робот-траулер, перепрограммированный Янусом.
Тем временем Анна добирается до поместья Темпла. Она находит его в подвале, но тот пребывает в панике и говорит о «Зале Смерти». В дом врываются Тираны; взрыв гранаты убивает Темпла, но Анна успевает схватить флешку и сбежать. Ее подбирает отряд «Новых сыновей свободы» во главе с миллиардером Хуаном Лебедевым и хакером Янусом. Анна узнает, что Тираны служат иллюминатам, которые стремятся не допустить распространения модификаций человека. Лебедев раскрывает, что смерть Райана и Дански - часть плана по манипуляции голосованием в ООН о регулировании технологий. Янус показывает Анне пророческие видения, города в огне, хаос и тотальный контроль.
### Блок 6. Предательство Ди-Бара и финальная битва
Анна, Саксон и отряд Лебедева планируют перехватить Тиранов в Женеве, где должно состояться выступление Уильяма Таггарта, лидера «Фронта человечества». Иллюминаты намерены убить его из-за угрозы срыва их плана. Ди-Бар, работающий с группой, оказывается предателем, он сдал информацию Тиранам. Во время атаки на самолет Тиранов Пауэлл и его люди гибнут при взрыве, это ловушка. Саксон ранен, но выживает. Анна вместе с Круа из «Призрака» преследует фургон с бомбой. В перестрелке Анна убивает Гюнтера Германа, фургон падает в Рону и взрывается. Круа ранен; Ди-Бар убивает его выстрелами, признаваясь, что заключил сделку с Тиранами. Прибывает Намир с Федоровой; они берут Анну в плен. Ди-Бара убивают.
Намир шантажирует Саксона жизнью Анны, требуя убить Таггарта. Саксон проникает ко Дворцу наций, но в последний момент отказывается стрелять и срывает покушение. Хардести убивает секретаршу Таггарта, после чего Саксон в библиотеке вступает с ним в драку и закалывает его его же собственным ножом.
На яхте «Икар» Намир пытается допросить Анну о Янусе. Анна устраивает пожар, нападает на Барретта и сбегает. Саксон пробирается на яхту, убивает пилота вертолета и вступает в схватку с Намиром. Намир тяжело ранит Саксона, но тот находит пистолет и стреляет в Намира. Барретт угрожает сбросить Анну в огонь; Саксон бросает оружие, чтобы спасти ее. Барретт бросает Анну вниз, Саксон прыгает за ней. Они проваливаются сквозь горящую палубу. Несмотря на взрыв яхты, Анна, используя ребризер, вытаскивает Саксона из воды. Тираны (Намир, Барретт, Федорова) улетают на вертолете, считая их мертвыми.
В финале Анна и Саксон скрываются в деревне в Коста-Рике у родителей погибшего Сэма Дуарте. Анна убеждена, что иллюминаты победили, но еще не окончательно, перемены грядут, и жернова пришли в движение. Она просит Саксона остаться, но он отвечает, что его работа не закончена - Намир на свободе. Они смотрят на закат, понимая, что на мир, который они знали, опускается ночь.