Приключенческая повесть об удивительных похождениях пионера Геннадия Стратофонтова, который совершил почти кругосветное путешествие на научном корабле. Во время этого необыкновенного путешествия Геннадий и его друзья попадают в самые невероятные ситуации, из которых выходят с честью.
**Знакомство с Геннадием и предыстория**
Рассказчик знакомится с Геннадием Стратофонтовым в Крыму, на пляже Коктебельской бухты. Мальчик поражает его необычными способностями, он видит в темноте (никтолоп), свободно говорит по-английски, а его бабушка Мария Спиридоновна, бывшая чемпионка по плаванию и летчица, плавает в ночном море. Геннадий рассказывает свою историю.
Он родился в Ленинграде в семье альпиниста и парашютистки. С детства увлекался книгами о моряках и путешественниках, его кумиром был предок - адмирал Стратофонтов, герой битвы с пиратом Рокером Буги. В возрасте одиннадцати лет на сеансе одновременной игры с гроссмейстером Талем Геннадий познакомился с капитаном научно-исследовательского судна «Алеша Попович» Николаем Рикошетниковым. После знакомства Геннадий вступил в клуб «Юный моряк». Вскоре Рикошетников предложил ему провести лето в экспедиции к архипелагу Большие Эмпиреи. Друзья и родители поддержали его.
**Путешествие на «Алеше Поповиче» и первые столкновения**
На подходе к Японии «Алеша Попович» попал в десятибалльный шторм. Геннадий, впечатленный происходящим, случайно попал под поток выброшенного за борт борща, который в воздухе обрушился на него. В Иокогаме друзья посетили странного генерального консула Больших Эмпиреев Старжена Фица, который одновременно управлял лавкой. Консул разрешил заход в порты при условии футбольного матча и дал странный совет познакомиться с мадам Накамура-Бранчевской.
Вскоре «Алеша Попович» спас пассажиров с потопленного пиратами теплохода «Ван-Дейк». Неизвестная подводная лодка обстреляла шлюпки, но советский корабль принял людей на борт. Спасенные рассказали, что нападавшие ограбили и потопили судно, а затем взяли шлюпки на буксир. Прибыв в порт Оук-порт, команду встретила молчаливая толпа, а затем агрессивный глиссер с футболистом на носу. Оказалось, что это местная традиция приветствия.
В сенате республики Геннадий и капитан стали свидетелями ожесточенных дебатов о футбольном матче. Представители Карбункла во главе с полковником Бастардо Мизераблесом яростно протестовали. После скучного выступления «резинщика» Геннадий вышел из зала и случайно подслушал разговор заговорщиков, Мамиса, Латтифудо и других, обсуждавших срыв матча и недопущение советского корабля. Геннадия схватили, усыпили газом и отправили на Карбункл.
**Плен на Карбункле и разоблачение заговора**
Геннадий очнулся в башне на острове Карбункл. Ему удалось сбежать по лиане и спрятать автомат. Он встретил девочку Доллис, точную копию своей одноклассницы Наташи Вертопраховой, которая представилась как дочь мадам Накамура-Бранчевской. Геннадий назвался английским туристом Джином Стрейтфондом. Бандиты снова схватили его, но благодаря вмешательству мадам его отпустили. На вилле Накамура-Бранчевской Геннадий с ужасом увидел, как «Алеша Попович» покидает порт. Он притворился, что расстроен из-за забытой коллекции марок.
Вечером мальчик подслушал тайное совещание, на котором присутствовали мадам, Мамис, Латтифудо и другие. Он узнал, что Накамура-Бранчевска - главарь огромной банды, которая планирует свергнуть правительство, объявить ее королевой, а на архипелаге разместить ракетные полигоны. Геннадий понял, что его легенда раскрыта, и он рискует жизнью. Он решил бежать в Оук-порт, переплыв пролив. В воде у него начались судороги, но его спас дельфин Чаби Чаккерс - дезертир из военно-морских сил США, который стал его верным другом. Добравшись до Оук-порта, Геннадий с помощью кота Пуши Шуткина пробрался в штаб патриотов и связался по радио с Рикошетниковым, получив разрешение остаться на острове для разведки.
**Возвращение на архипелаг и решающие события**
Вернувшись на виллу, Геннадий узнал от Доллис, что банда готовит захват «Алеши Поповича», чтобы представить его как оружие против республики. Мальчик разработал план, под видом международного оркестра во главе с дирижером (переодетым Ричардом Буги) наемники должны были проникнуть на праздник. Геннадий и его новый союзник, бывший наемник Джон Грей (Силач-Повеса), заменили оружие в инструментах. В день праздника на площадь прибыл захваченный «Алеша Попович». Провокатор Мамис попытался объявить экипаж шпионами, но плотник Телескопов разоблачил его на глазах у всех.
В этот момент переодетый Буги начал выступление «оркестра». Геннадий и Джон Грей арестовали его, но Буги метнул в Геннадия стальной клинок. Джон Грей закрыл мальчика собой и погиб. Тем временем Доллис сообщила Геннадию, что мадам и Буги сбежали на Карбункл, чтобы взорвать вулкан и уничтожить город. Геннадий и внезапно приплывшая Наташа Вертопрахова бросились за ними в погоню.
**Погоня, сражение и развязка**
Геннадий и Наташа нашли подземный ход, ведущий к пульту управления взрывом. В подводном зале они столкнулись с мадам и Буги. Мадам успела включить один заряд, и стена начала подниматься, впуская воду. Геннадий ранил мадам и уничтожил пульт, но бронированная дверь захлопнулась, отрезав путь. Вода быстро заполняла зал. Геннадий по-ультразвуковому позвал дельфина Чаби, но мальчик и Наташа начали тонуть. На помощь пришла полумифическая рыба намадзу, которая вынесла их на поверхность. Их спасли. Позже на аэродроме выяснилось, что Доллис - пропавшая сестра-близнец Наташи, похищенная в детстве.
Самолет с героями улетал, но истребитель, пилотируемый обезумевшей мадам, атаковал его. Бабушка Мария Спиридоновна взяла управление и маневрами заставила истребитель врезаться в воду. Накамура-Бранчевска погибла. В эпилоге Геннадий на коктебельском пляже рассказывает автору, что «Алеша Попович» продолжает исследования, Пуша Шуткин живет у них дома, а Чаби Чаккерс женился и ждет в гости. Мальчик обеспокоен новыми слухами с архипелага, чувствуя, что тучи снова сгущаются.
