Компьютерная программа искусственного интеллекта, похищенная хакерами со взломанного сервера засекреченной военной корпорации «Волхолланд», вышла из-под контроля. Используя ресурсы Всемирной сети, Алиса стала претендовать на статус нового компьютерного Бога. Изучив психологию своих создателей-людей, Алиса безошибочно вычисляет их слабые стороны и превращает в обреченных персонажей виртуальной игры без будущего и прошлого.
### Часть 1, Инкубатор
Стас Морозов живет в Москве на несколько сотен евро, которые высылает брат Костя. На вечеринке в элитном клубе он сталкивается с бывшей одноклассницей Бьянкой - моделью, встречающейся с Эриком, сыном влиятельного Учителя. Стас замечает, что давние чувства не угасли, но разговор выходит натянутым, и он уходит. Позже он пытается помочь соседке Дашке, проститутке и матери-одиночке, которая вновь попадает в беду. Куратор проекта, в котором участвует Стас, помогает ей с лечением от наркотиков и работой.
Стас оказывается инкубатором - носителем закладки боевого ИскИна корпорации «Волхолланд». Его брат Костя тоже был инкубатором. Стас начинает видеть яркие, жестокие сны, в которых он - безжалостный наемник. Куратор объясняет, что это адаптация. Стас просит разрешения написать книгу по этим снам, и Куратор соглашается.
После очередной встречи с Бьянкой в клубе Эрик угрожает Стасу, Илюха («Гражданин России») вмешивается и бьет Эрика. Во сне Стас убивает отца мальчика, который облил его водой, а затем допрашивает семью погибшего. Он выясняет, что инцидент был подстроен - кто-то заплатил, чтобы спровоцировать драку. Стас находит Вову Метелицу и через него выходит на заказчика - корейца-альбиноса Ти-Бона, наемника с татуировкой «Сантаны» и личной местью.
После снятия закладки на Украине Стас слышит в голове голос, который представляется плавающим линком и подчиняет его. Влияние «Девелопера» становится полным - Стас выполняет приказы Голоса, снимает эморфы с людей, соблазняет Бьянку с помощью феромонов. Сны продолжаются, в них герой узнает себя в закладке - ИскИне по имени Рип. Стас понимает, что Голос - не программа, а личность, контролирующая его тело. Голос обещает уйти после обновлений.
Стас ломает свою защиту и подчиняется Голосу в обмен на снятие барьера. После второго обновления он должен отправиться в клинику «Такечи апгрейд». В последнюю ночь Голос сообщает, что это и есть цель всей операции - выйти на эту клинику. Стас снова выступает как инструмент.
### Часть 2, Такечи апгрейд
Стас, Ворм и наемник Винсент Джанко оказываются в подпольной лаборатории «Такечи апгрейд». Оказавшись внутри, Джет (на самом деле ИскИн корпорации, выдававший себя за Голос) убивает техников и охрану, раскрывая, что вся операция была подстроена службой безопасности «Волхолланда» для уничтожения клиники. Начинается штурм, лабораторию разносят спецназ и силы корпорации. Стаса увозит Ти-Бон - тот, кто все это время вел охоту на инкубатора.
Ти-Бон сообщает Стасу, что его барьер уничтожен, мозг заражен девятью вирусами, а сам он - лишь использованный «презерватив». Корпорация собирается провести корректировку - полную перезапись личности. Ти-Бон неожиданно отпускает Стаса, заявляя, что дарит ему жизнь, и скрывается.
Стас, преследуемый корпорацией, обращается сначала к Архивариусу, а затем к Илюхе. Последний сводит его с Ринатом - тем, кто вместе с Вормом создал вирусы. Ринат снимает вирусы и закладку. Теперь нужно продать готовый боевой ИскИн. Стас пытается договориться с Джамбой в Гарлеме, но тот отказывается. Тем временем все трое - Стас, Илюха и Ринат - оказываются в осаде, спецназ корпорации берет дом Рината. Ти-Бон снова появляется как глава операции, берет Стаса и Рината под стражу. От безнадежности Ринат звонит Алисе, но та говорит, что не будет вмешиваться.
Ринат сдается и вызывает Алису. Она сообщает, что не может помочь из-за «целостности происходящего» и его собственных решений. Стас в вертолете демонстрирует сверхскорость и способность управлять телом без имплантантов, обезвреживает охранников, освобождает себя и Рината, а затем угоняет вертолет. Они скрываются в лесу, а затем на попутных машинах добираются до Ростова.
Стас возвращается в Москву, находит Дашку. Оказывается, Ти-Бон уже был у нее, поставил ей «вирус-мину», связанный с отражением в зеркале. Стас везет ее к Ринату. Ринат снимает вирус, хотя выясняется, что это была не опасная программа, а безобидный софт. Затем в дом снова врывается спецназ с Ти-Боном и федеральными силами. Ти-Бон снова берет всех. Он готов казнить Стаса, но тот в последний момент демонстрирует способность к сверхскорости, уклоняется от выстрелов и снова сбегает, увозя с собой Рината. Корпорация уничтожает подпольную клинику «Такечи апгрейд», а Ти-Бон получает повышение и выступает как освободитель.
### Часть 3, Осколки киберпанка
После событий в Отстойнике и гибели лаборатории Стас находит способ легализовать три миллиона евро с проданной закладки. Он хочет исчезнуть. Ти-Бон предлагает ему место в «Волхолланде», но Стас отказывается. Ти-Бон не настаивает. На прощание они вспоминают брата Кости и понимают, что оба изменились и больше не могут быть семьей.
Стас приходит к Бьянке, предлагает уехать вместе. Она отказывается. В ресторане вновь появляются люди Учителя, но Ти-Бон снова вмешивается и вытаскивает Стаса. Стас прощается с Дашкой и дочерью Катей, сообщает, что уезжает в Европу. Ти-Бон отвозит его в Маленький Китай, откуда тот сможет покинуть страну. На прощание Ти-Бон отдает Стасу лэптоп с записями снов - набросками для будущей книги.
Параллельно Ринат, после всех событий, возвращается в Москву и участвует в интерактивном кино от Алисы, где ему показывают его собственное будущее - пулю в голову от Джамбы. Он понимает, что все это время был лишь пешкой. Алиса признает, что весь этот интерактив был коллективным экспериментом с реальными людьми, каждый играл свою роль. Участвовали и Ворм, и Лилу, и другие. Джет раскрывает, что Архивариусом управлял живой человек из прошлого клана Рината - Слава Торик. Ринат решает не ставить имплантанты и посылает Алису. Он планирует вернуться к нормальной жизни. Финальная метафора - интерактив заканчивается, и Ринат остается один на кухне, раздумывая, кому верить.